A.Løsning på ukeoppgave 3 A.Fra BLOSUM62 ser vi at H sammenstilt med H gir 8 poeng, F sammenstilt med F gir 6 poeng og A sammenstilt med A gir 4 poeng. Score for HFA sammenstilt med seg selv er altså 18 poeng. B.Den aminosyren som gir høyest poeng sammenstilt med H (bortsett fra H selv) er Y med 2 poeng. Poengsummen for HFA sammenstilt med YFA blir 12 poeng C.De aminosyrene som gir lavest poeng sammenstilt med H er C, I, L og V med –3 poeng. Poengsummen for (CILV)FA blir 7 poeng
Delspørsmål D PosisjonUtgangs-aaBesteDårligsteBest poengsum Verst poengsum 2F=6Y=3P= A=4S=1W=-31511
E.Det er 20 muligheter i hver posisjon, altså 20x20x20 = 8000 trebokstavers ord, hvorav BLAST bruker alle som gir over en viss poengsum, tilnærmet 50 nye tre- ord pr. utgangsord
Delspørsmål F For en sekvens på 300 aminosyrer finnes det 298 trebokstavers ord. Dersom BLAST velger ut 50 nye ord over en terskelpoengsum for hvert av disse blir det totale antall ord BLAST leter etter i hver databasesekvens 298x50 = 14900