Hovedoppgave 04-06 Ved HIB/UIB Informatikk Bruk av MATLAB for visualisering og analyse av FREESURFER-segmenterte MRI-opptak av den aldrende hjerne Roy Kjellid
Bildediagnostikk Finnes flere ulike teknikker Klassifisere Røntgen Ultralyd MRI Klassifisere Manuell klassifikasjon Automatisk klassifikasjon
MRI MRI ”oppfunnet” av Bloch og Purcell Stor utvikling siste 20 år Segmenteringsteknikker Bildekvalitet Nye applikasjoner Applikasjoner Automatisk klassifikasjon FreeSurfer
”FREESURFER” Freesurfer er utviklet hos: Cortechs og Martinos Center for Biomedisinsk Avbildning Martinos Center er et samarbeid Harvard-Massachusetts Institute of Technology (MIT) Massachusetts General Hospital.
Hva gjør FreeSurfer: Vevsgjenkjenning og morfometri basert på MRI Freesurfer er det mest avanserte av slike verktøy
Hva gjør FreeSurfer: Tar utgangspunkt i ett eller flere T1-vektete 3D hodeopptak Automatisk segmentering av WM,GM,CSF Segmenterer også anatomiske strukturer
FreeSurfer FreeSurfer = Linux basert Visualiserings del i TCL/TK Mål med oppgaven: dels innsikt gjennom visualisering dels tilrettelegging og gjennomføring av statistiske analyser av segmenterte volumer og flater
Teknologi Hvorfor Matlab? Negative sider: MATLAB, Matematisk verktøy Mange ToolBoxes DICOM Virker på ulike plattformer Negative sider: Funksjons og script basert Bruker mye minne
VizFree VizFree Sentralisert Kontroll Arkitektur Bildebehandling og Matlab
VizFree – Visualisere DICOM
VizFree – Visualisere FreeSurfer aseg
VizFree – Volum og hjernestruktur
VizFree – Tydelige Bilder
VizFree – 3D
VizFree - Gruppeanalyse
Hvorfor? Måle ulike volumendringer Effekt av medisinering Sykdommer eller lidelser
Spørsmål?
HIB og Master…. Tilrettelegging? Software? Kompetanse?