Forelesninger og PC-stuer Tirsdag 2. mars: Forelesning: Genomer Fredag 5. mars: PC-stue: Genombrowsere Tirsdag 9 mars: Forelesning: Sekvensanalyse/genfinning.

Presentasjon om: "Forelesninger og PC-stuer Tirsdag 2. mars: Forelesning: Genomer Fredag 5. mars: PC-stue: Genombrowsere Tirsdag 9 mars: Forelesning: Sekvensanalyse/genfinning."— Utskrift av presentasjonen:

1 Forelesninger og PC-stuer Tirsdag 2. mars: Forelesning: Genomer Fredag 5. mars: PC-stue: Genombrowsere Tirsdag 9 mars: Forelesning: Sekvensanalyse/genfinning Fredag 12. mars: PC-stue: Sekvensanalyse Tirsdag 16. mars: Forelesning: Mikromatriser Fredag 19. mars: PC-stue: Mikromatriser Fram til 20. april: Gruppeoppgaver. PC-stuer/trouble shooting hver tirsdag og fredag Tirsdag 20. april: Forelesning: Proteinmodellering Fredag 23. april: PC-stue Tirsdag 27. april: PC-stue? Fredag 30. april: Forelesning: Proteinmodellering Tirsdag 4. mai: Forelesning: Proteinmodellering Fredag 7. mai: PC-stue: Proteinmodellering Tirsdag 18. mai: PC-stue: Proteinmodellering

2 En måte å gjøre det på Sekvens Komplementær og reverssekvens For DNA er en palindrom sekvens en sekvensbit som er identisk på den ene tråden og den komplementære tråd, lest fra 5’ til 3’ ende GAATTC CTTAAG

3 Første forsøk: Vindu 1, krever 100% likhet Mange bakgrunnsprikker gjør det vanskelig å oppdage palindromene. Stor overraskelse: Hvorfor er dotplottet symmetrisk om diagonalen??

4 Forsøk 2: Vindu 2, 100% likhet Fortsatt mye bakgrunn, men et par palindromer dukker opp!

5 Forsøk 3: Vindu 3, 100% identitet Ganske bra: Alle palindromer med lengde over 3 vil oppdages

6 Forsøk 4: Vindu 6, 100% identitet Bakgrunnsstøyen borte, 6 nukleotider lange palindromer ses som en prikk. Kan ikke oppdage kortere palindromer med dette vinduet