Presentasjon lastes. Vennligst vent

Presentasjon lastes. Vennligst vent

1 Slektskapsanalyser av molekylærgenetiske data Andreas Radtke Smittevernoverlege St.Olavs hospital.

Liknende presentasjoner


Presentasjon om: "1 Slektskapsanalyser av molekylærgenetiske data Andreas Radtke Smittevernoverlege St.Olavs hospital."— Utskrift av presentasjonen:

1 1 Slektskapsanalyser av molekylærgenetiske data Andreas Radtke Smittevernoverlege St.Olavs hospital

2 2 Molekylærgenetiske metoder PFGE MLST MLVA AFLP SNP CRISPR … Helgenomsekvensering

3 3 Ernst Haeckel, 1866

4 4

5 5

6 6 Ned-opp eller opp-ned tre Kan være vanskelig å vite hvem som er grunnleggeren av en cluster Enklere å definere slektskap mellom par av stammer og definere opprinnelse derfra

7 7 Mikrobiologisk phylogeni Ingen tokogeni Mutasjon og genopptak som drivende Generasjonstid Egenskap AEgenskap B Stamme 1x1x1 y0y0 Stamme 2x0x0 y1y1

8 8 Typingens formål? Overvåkning av infeksjonssykdom –Nasjonal og internasjonal Undersøkelse av et utbrudd Patogenese og forløp av en infeksjon –Virulente og avirulente stammer Bakteriell populasjonsgenetikk –Species eller subspeciesnivå Epidemiologisk konkordans –Gir analysen et sant bilde av epidemiologien? –Gjelder både metoden og analysen

9 9 Overveininger for en typing Tid og geografi –Enklere å finne korrekt slektskap mellom stammer fra samme tid og geografisk område Bias i stammesamlingen? –F.eks. stammesamling GBS fra storfe i Trøndelag

10 10 Oppløsningsevne av typingsmetoder Høy oppløslighet, stor datamengde, f.eks. hel- genom- sekvensering Lav oppløslighet, liten datamengde, f.eks. antibiogramm

11 11 Genetisk klokke og typingsmetoder Mål: utbruddsoppklaring hurtige forandringer/mutasjoner Bringe frem mest mulig diversitet  PFGE (, AFLP), MLVA Mål: epidemiologisk overvåkning Konserverte områder Mindre diversitet  MLST, MLVA?

12 12 Dynamikk av genomer Evolusjonær mutasjonsrate –Mutasjonsrate av et gen kjent? Isersjon/delesjon av sekvenser gir «hopp» i evolusjonen Plasmider

13 13 Monomorphe species Lav diversitet i sequensen Gir lav oppløsning i en rekke metoder, f.eks. MLST Viktige monomorfe species: –M.tuberculosis –Y.pestis –B. anthracis –Salmonella enterocolica (serovar thyphi) –M. leprae

14 14 Interpretasjon av DNA fragmentmønster F.eks. PFGE Antall bånd Prosentuell likhet av mønstrene Mutasjoner må være i restriksjonsområde for å gi forskjell

15 15 Interpretasjon av PFGE (etter Tenover) Ingen forskjell 1-4 bånds forskjell: nært beslektet 5-8 bånds forskjell: mulig beslektet …men hvor mange mutasjoner ligger bak? Best å ha bånd  valg av restriksjonsenzym Tenover et al, J Clin Microbioll, 1995, 2233ff

16 16 Analyse av MLVA profiler Populasjonsanalyser kan indikere mutasjonsraten i repetisjonsområder Mutasjonsmønster kjent? –Stegvis mutasjon mot tilfeldig Mutasjoner kan forekomme under et utbrudd

17 17 Interpretasjon av data fra DNA sekvenser Kvalitetssjekk av sekvenser svært viktig Kuratorer forlanger ofte rådataen fra sekvenseringen før de godkjenner nye alleler

18 18 Typingsmetoder og standartisering Gelbaserte metoder mot molekylære metoder Databaser må bli bygget på –Standardiserte protokoller –Strenge kuratorer –Ringtester F.eks. PulseNet, MLST.net, spa-typing

19 19 eBurst Utviklet for MLST Analyserer hovedsakelig relasjonen mellom nært beslektede genotyper (klonale komplekser) Slektskap (distanse) mellom klonale komplekser blir ikke analysert Tar ikke hensyn til antall stammer i hver ST

20 20 Minimum spanning tree MST er et resultat av en graph som knytter alle hjørner sammen og gi dem en vekt.

21 21 Neighbor joining Det initiale treet er stjerneformet, nye noder blir tilføyet endene Forutsetter ikke en konstant evolusjonsrate Distans mellom to par må være kjent og er sentral Rask og ok for store dataset Avhengig av korrekt evolusjonsmodell

22 22 UPGMA Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean Gir dendrogram Forutsetter en konstant evolusjonsrate “Molekylær klokke” Enkleste metode for konstruksjon av et tre

23 23 Konklusjon Analyse må ta hensyn til: –Epidemiologisk spørsmålstilling –Typingsmetode –Interpretasjonsmetode –Tilgjenglige epidemiologiske data må trekkes inn i tolkningen


Laste ned ppt "1 Slektskapsanalyser av molekylærgenetiske data Andreas Radtke Smittevernoverlege St.Olavs hospital."

Liknende presentasjoner


Annonser fra Google