Presentasjon lastes. Vennligst vent

Presentasjon lastes. Vennligst vent

Det humane genom Menneskekroppen har 100 billioner celler, hver med 46 kromosomer. Samlet lengde av DNA: 2 meter/celle.

Liknende presentasjoner


Presentasjon om: "Det humane genom Menneskekroppen har 100 billioner celler, hver med 46 kromosomer. Samlet lengde av DNA: 2 meter/celle."— Utskrift av presentasjonen:

1

2 Det humane genom Menneskekroppen har 100 billioner celler, hver med 46 kromosomer. Samlet lengde av DNA: 2 meter/celle

3 …er ganske stort

4 Andre genomer som kan lære oss mye om det humane genom

5 Antall kromosomer i forskjellige organismer

6 K-value paradox: Complexity does not correlate with chromosome number Ophioglossum reticulatumHomo sapiensLysandra atlantica 1260

7 Størrelse av genomer

8 C-value paradox: Complexity does not correlate with genome size.

9 Det humane genom

10 The human genome is disappointing: It is small It is small It is empty It is empty It is unoriginal It is unoriginal It is repetitive It is repetitive

11 En oversikt over det humane genom

12 Hvor mange gener i genomet?

13 Genomstørrelser – hvor mange gener?

14 N-value paradox: Complexity does not correlate with gene number. ~31,000 genes ~26,000 genes ~50,000 genes

15 Sammensetning av genomet

16 Intergenic regions (junk) Introns (junk) Exons1.5% The genome is empty.

17 Den molekylære funksjonen til humane gener

18 Funksjonelle kategorier i eukaryote proteomer

19 Flere proteiner fra samme gen (alternativ spleising) Menneske: 60 % av genene koder for mer enn ett protein Orm: 22 % av genene koder for mer enn ett protein

20 Forskjeller i geninhold Fibroblastvekstfaktor – menneske 30, bananflue og orm 2 hver Transformerende vekstfaktor β – menneske 42, bananflue 9, orm 6 Gener som koder for proteiner med immunglobulindomener – menneske 765, bananflue 140, orm 64 ”Sinkfinger”-proteiner – menneske dobbelt så mange som bananflue og 5 ganger flere enn orm

21

22 CpG-frekvens og CpG-øyer The typical density of CpG doublets in mammalian DNA is ~1/100 bp, as seen for a -globin gene. In a CpG- rich island, the density is increased to >10 doublets/100 bp. The island in the APRT gene starts ~100 bp upstream of the promoter and extends ~400 bp into the gene. Each vertical line represents a CpG doublet.

23 CpG-øyer

24 Vedlikeholdsmetylering Ved maintenance-metylering induserer metyleringsmønsteret i en parental DNA-tråd det tilsvarende metyleringsmønster i den komplementære tråden. Slik kan et stabilt metyleringsmønster opprettholdes i en cellelinje

25 CpG – underrepresentert i genomet The CpG doublet occurs in vertebrate DNA at only ~20% of the frequency that would be expected from the proportion of G·C base pairs. (this is because CpG doublets are methylated on C, and spontaneous deamination of methyl-C converts it to T, introducing a mutation that removes the doublet.) In certain regions, however, the density of CpG doublets reaches the predicted value; in fact, it is increased by 10× relative to the rest of the genome. The CpG doublets in these regions are unmethylated

26 Cytosin, metylcytosin og tymin T me

27 Repetitive DNA I interspersed in tandem Alus are like that!

28 Repeterte sekvenser skaper problemer

29 Klasser av intersperserte repetisjoner i det humane genom

30 Elementer i det humane genom som kan transposeres på en RNA-formidlet måte

31 SINEs og utledning av fylogenetiske forhold En SINE er enten der eller ikke SINEs innsettes på tilfeldig måte i ikke- kodende områder. Samme plassering i to arter tyder på at innsettingen foregitt i en felles stamfar Innsetting av en SINE er irreversibel, fravær er derfor et ancestralt trekk

32 Alu elements Length = ~300 bp Repetitive: > 1,000,000 times in the human genome Constitute >10% of the human genome Found mostly in intergenic regions and introns Propagate in the genome through retroposition (RNA intermediates).

33 Evolution of Alu elements

34 Alu elements can be divided into subfamilies The subfamilies are distinguished by ~16 diagnostic positions.

35 Sekvenssammenstilling av Alu-familier 14 Alu-familier hos mennesket, hvorav 1 ikke hos andre primater Alu- insersjoner spesifikke for mennesket. J, S, Y

36 Evolusjon av Alu-elementer

37 Transposisjonering av et typisk humant Alu-element

38 Alu-elementer hos primater

39 Splicing Eukaryotic genes (exons & introns) Translation

40 Splicing Alternative Mature splice variant II Mature splice variant I Alternative splicing: One gene, several proteins!

41 Types of alternative splicing

42 Cassette exon or internal-exon skipping

43 A 1212 A -OH 1 2 YYYYYYYYYNCAGGTRAGTACAGG Donor site Acceptor siteBranch point Lariat Pyrimidine tract Signals of splicing

44 Because mRNAs and Alus are frequently reverse transcribed and incorporated into the genome, pyrimidine tracts are ubiquitous The complementary strand of polyA is polyT = pyrimidine tract.

45 The minus strand of Alu elements contains “near” splice sites The minus strand of Alu contains ~3 sites that resemble the acceptor recognition site: Consensus acceptor site:YYYYYYNCAG/R Alu-J: ( ) :TTTTTTGtAG/A The minus strand of Alu contains ~9 sites that resemble the consensus donor site: Consensus donor site: CAG/GTRAGT Alu-J: (25-17) : CAG/GTGtGA

46 Our findings Out of 1,182 alternatively spliced cassette exons, 62 have a significant hit to an Alu sequence. Out of 4,151 constitutively spliced exons, none has a significant hit to an Alu sequence.  all Alu-containing exons are alternatively spliced.

47 Retention Ratio Retention ratio = number of mRNA molecules containing the alternatively spliced exon divided by total number of mRNA molecules. Retention ratio for Alu-containing exons was ~10%. Retention ratio for alternatively spliced exons that do not contain Alu was ~45%.

48 Proposed model for Alu exonization Exon

49 Hvordan studere genomet? Men NCBI har også en genombrowser: MapView!


Laste ned ppt "Det humane genom Menneskekroppen har 100 billioner celler, hver med 46 kromosomer. Samlet lengde av DNA: 2 meter/celle."

Liknende presentasjoner


Annonser fra Google