Presentasjon lastes. Vennligst vent

Presentasjon lastes. Vennligst vent

1 Statistisk forsøksplanlegging – hvordan en spennende assosiasjon kan bli til et prosjekt Thore Egeland

Liknende presentasjoner


Presentasjon om: "1 Statistisk forsøksplanlegging – hvordan en spennende assosiasjon kan bli til et prosjekt Thore Egeland"— Utskrift av presentasjonen:

1 1 Statistisk forsøksplanlegging – hvordan en spennende assosiasjon kan bli til et prosjekt Thore Egeland

2 2 Case-triad

3 3 What can be estimated? Contents Case-controlCase-triad Main effect of genesYes Main effect of environmentYes HaplotypesYes Maternal genesYes ImprintingYes Interaction maternal vs. childYes

4 4 CTTT CT Parent of origin known Parent of origin not known.

5 5 TDT-testobservator: (17-26) 2 /(17+26)=1,88, p=0,17. Fortolkning? Eksempel 1

6 6 Hvor mange triader? Informative triader. Her n=26+17=43. Noen forenklede betraktninger følger, se evt Genetic Power Calculator Hypoteseprøving eller konfidensintervaller: andel A=26/43= % CI: =[0.45,0.75]

7 7 Fortolkning av konfidensintervaller Vi ser igjen at dette ikke er signifikant på 5% nivå fordi 0.5 er i intervallet. Dersom tendensen holder seg i et nytt forsøk med 4 ganger så mange informative triader: =[0.525,0.675] Konklusjon?

8 8

9 9 Data example 2

10 10 Analysis using haplin in R  haplin(infile="m:\\haplin\\ex1.txt") … C T … Haplotypes used in the analysis, with coding: C T 12 … Haplotype frequencies with 95% confidence intervals: est. lower upper p p

11 11 Single- and double dose effects with 95% confidence intervals: est. lower upper RRc RRc RRcdd RRcdd Interpretation: P(disease|CT)/P(disease|CC)= % conf. int to 3.57 and so p-value<0.05 P(disease|TT)/P(disease|CC)=1.72

12 12

13 13 Mye mer i haplin Kan bruke mange markører, estimerer haplotyper. Maternelle alleler. Imprinting. Interaksjon mor, barnets alleler.

14 14 Eksempel 3: GENEHUNTER

15 15 Exercise 4 Data is available from 10 families. There are two parents and two children in each family. Both children are affected; families are selected if one child is diagnosed and if there is an additional sibling also affected. Three parents are affected. The data for this excercise can be downloaded. downloaded i) Perform a power analysis based on ideals.pro. Vary and discuss assumptions. ii) We have simulated data for 34 markers on chromosome 1; similar comments apply for this exercise. Use Genehunter to try to locate the disease marker. Vary and discuss assumptions.


Laste ned ppt "1 Statistisk forsøksplanlegging – hvordan en spennende assosiasjon kan bli til et prosjekt Thore Egeland"

Liknende presentasjoner


Annonser fra Google