Presentasjon lastes. Vennligst vent

Presentasjon lastes. Vennligst vent

Lektion 2: Hardy-Weinberg •Genfrekvenser •Genotypefrekvenser •Gentællemetoden •Kvadratrodsmetoden •Hardy-Weinberg loven •Kønsbunden nedarvning •Kobling.

Liknende presentasjoner


Presentasjon om: "Lektion 2: Hardy-Weinberg •Genfrekvenser •Genotypefrekvenser •Gentællemetoden •Kvadratrodsmetoden •Hardy-Weinberg loven •Kønsbunden nedarvning •Kobling."— Utskrift av presentasjonen:

1 Lektion 2: Hardy-Weinberg •Genfrekvenser •Genotypefrekvenser •Gentællemetoden •Kvadratrodsmetoden •Hardy-Weinberg loven •Kønsbunden nedarvning •Kobling og gametfrekvenser

2 Codominant nedarvning •S betegner ”slow” albumin allel •F betegner ”fast” albumin allel Genotyper

3 Genotypefrekvens

4 Beregning af genotypefrekvenser •Genotypefrekvensen af SS:36/106 = 0,34 •Genotypefrekvensen af SF:47/106 = 0,44 •Genotypefrekvensen af FF:23/106 = 0,22

5 Beregning af genfrekvenser •Genfrekvens ud fra antal •Genfrekvens ud fra proportioner

6 Genfrekvens ud fra antal •S: p = (2  36+47)/(2  106) = 0,56 •F: q = (2  23+47)/(2  106) = 0,44 •Total: p + q = 1,00

7 Genfrekvens ud fra proportioner •S: p = 0,34+0,5  0,44 = 0,56 •F: q = 0,22+0,5  0,44 = 0,44 •Total: p + q = 1,00

8 Multiple alleler •Genfrekvensberegning for mere end to alleler

9 Beregning af genfrekvenser for multiple alleler •Allelfrekvensen af ”209”: p = (2  2+18)/(2  43) = 0,256 •Allelfrekvensen af ”199”: q = (2  0+12)/(2  43) = 0,140 •Allelfrekvensen af ”195”: r = 1 - p - q = 0,604

10 Dominant nedarvning

11 Beregning af genfrekvens ved dominant nedarvning •q 2 = q  q = 18/200 = 0,09 •q =  q  q = 0,30 •p = 1-q = 1-0,30 = 0,70

12 Hardy-Weinberg loven •Frekvensen af homozygoter er lig med det relevante gens frekvens i anden: p 2 og q 2 •Frekvensen af heterozygoter er lig med det dobbelte produkt af de relevante genfrekvenser: 2pq •Genfrekvenser og genotypefrekvenser er konstante fra generation til generation

13 Hardy-Weinberg loven • SS: p  p = 0,56  0,56 = 0,314 • FF: q  q = 0,44  0,44 = 0,194 • SF: 2pq = 2  0,56  0,44 = 0,493 Genotypefrekvens:

14  2 -test •H 0 : Der er ikke forskel på observerede og forventede værdier •  2 -værdi =  (O-E) 2 /E = 1,09 •Signifikansniveau:  = 0,05 •Frihedsgrader: df = 1

15  2 -test •P > 0,20 P >  •H 0 afvises ikke. Ingen signifikant forskel på observerede og forventede værdier Konklusion: Der kan ikke påvises nogen signifikant afvigelse fra Hardy-Weinberg ligevægten på albumintyper hos danske schæferhunde

16 Kønsbunden nedarvning X-kobling •Der er ikke nødvendigvis samme genotypefrekvens hos hanner og hunner •Hos hanpattedyr er alle kønsbundne gener maternelle •Hos hanpattedyr udtrykkes kønsbundne gener direkte, dvs. genotypefrekvens er lig med genfrekvens •Genotypen hos hanner betegnes hemizygote

17 Orangegenet hos kat •XX-individer: OO giver orange pelsfarve Oo giver blandings pelsfarve oo giver ikke-orange pelsfarve •XY-individer: O giver orange pelsfarve o giver ikke-orange pelsfarve

18 Beregning af genfrekvenser for orangegenet hos kat •O hun : p = (2  3+53)/(2  173) = 0,17 o hun : q = (2  )/(2  173) = 0,83 •O han : p = 28/177 = 0,16 •o han : q = 149/177 = 0,84

19 Kønsbunden nedarvning •Kønsbundne recessive sygdomme kan forventes, at forekomme i højere frevens hos hanner end hos hunner •Hanner: Genfrekvens q = 0,1 Genotypefrekvens = Genfrekvens •Hunner: Genfrekvens q = 0,1 Genotypefrekvens = q 2 = 0,01

20 Parringstype frekvenser under tilfældig sammenparring Parringstype Frekvens AA  AA p 2  p 2 = p 4 AA  Aa2  p 2  2pq= 4p 3  q AA  aa2  p 2  q 2 = 2p 2  q 2 Aa  Aa 2pq  2pq= 4p 2  q 2 Aa  aa2  2pq  q 2 = 4pq 3 aa  aa q 2  q 2 = q 4

21 Parringstype frekvenser •Monogenetisk arvelige sygdomme •Nært beslægtede hunderacers genfrekvenser

22 Gametfrekvenser ved kobling og koblingsuligevægt •Gametfrekvenser anvendes, når gener på to loci betragtes samtidigt •Det kan ske at en bestemt markørallel altid forefindes sammen med et skadeligt gen på et andet locus

23 Kobling Rekombination Repulsion A B A B A b a b a b a B Gametfrekvenser ved kobling to gange to tabel

24 Gametfrekvenser ved kobling: Beregningseksempel •Test for uafhængighed •H 0 : D = 0,  2 = 9,7, df = 1,  = 0,05 •H 0 afvises  Koblingsuligevægt •D = r - p(A)  p(B) = 0,21-0,7  0,4 = - 0,07

25 Gametfrekvenser ved kobling •Gameterne Ab og aB er i repulsionsfase •Obs. - Exp. = Afvigelse = D

26 Kobling Rekombination Repulsion A B A B A b a b a b a B a b a b a B Genotypefrekvenser ved kobling:

27 Koblingsuligevægt •Obs - Exp = afvigelse = D •D = u - q(a)  q(b), el. D = ru - ts (= (f (AB/ab) - f (Ab/aB))/2 ) •Maksimalt disequilibrium (D max ) opstår når alle dobbelt heterozygoterne enten er i koblings-fase (AB/ab) eller i repulsionsfase (Ab/aB). D max = 0.5

28 Nedbrydning af koblingsuligevægt •D n = D 0 (1-c) n, hvor D 0 er uligevægten i udgangs populationen

29 Gametfrekvenser ved kobling og koblingsuligevægt •I forbindelse med en ny mutation er der koblingsuligevægt i mange generationer fremover, da mutationen kun opstår på et kromosom •Der er altid maksimal koblingsuligevægt inden for en familie


Laste ned ppt "Lektion 2: Hardy-Weinberg •Genfrekvenser •Genotypefrekvenser •Gentællemetoden •Kvadratrodsmetoden •Hardy-Weinberg loven •Kønsbunden nedarvning •Kobling."

Liknende presentasjoner


Annonser fra Google