Hovedoppgave 04-06 Ved HIB/UIB Informatikk Bruk av MATLAB for visualisering og analyse av FREESURFER-segmenterte MRI-opptak av den aldrende hjerne.

Presentasjon om: "Hovedoppgave 04-06 Ved HIB/UIB Informatikk Bruk av MATLAB for visualisering og analyse av FREESURFER-segmenterte MRI-opptak av den aldrende hjerne."— Utskrift av presentasjonen:

1 Hovedoppgave Ved HIB/UIB Informatikk Bruk av MATLAB for visualisering og analyse av FREESURFER-segmenterte MRI-opptak av den aldrende hjerne Roy Kjellid

2 Bildediagnostikk Finnes flere ulike teknikker Klassifisere Røntgen
Ultralyd MRI Klassifisere Manuell klassifikasjon Automatisk klassifikasjon

3 MRI MRI ”oppfunnet” av Bloch og Purcell Stor utvikling siste 20 år
Segmenteringsteknikker Bildekvalitet Nye applikasjoner Applikasjoner Automatisk klassifikasjon FreeSurfer

4 ”FREESURFER” Freesurfer er utviklet hos:
Cortechs og Martinos Center for Biomedisinsk Avbildning Martinos Center er et samarbeid Harvard-Massachusetts Institute of Technology (MIT) Massachusetts General Hospital.

5 Hva gjør FreeSurfer: Vevsgjenkjenning og morfometri basert på MRI
Freesurfer er det mest avanserte av slike verktøy

6 Hva gjør FreeSurfer: Tar utgangspunkt i ett eller flere T1-vektete 3D hodeopptak Automatisk segmentering av WM,GM,CSF Segmenterer også anatomiske strukturer

7 FreeSurfer FreeSurfer = Linux basert Visualiserings del i TCL/TK
Mål med oppgaven: dels innsikt gjennom visualisering dels tilrettelegging og gjennomføring av statistiske analyser av segmenterte volumer og flater

8 Teknologi Hvorfor Matlab? Negative sider: MATLAB, Matematisk verktøy
Mange ToolBoxes DICOM Virker på ulike plattformer Negative sider: Funksjons og script basert Bruker mye minne

9 VizFree VizFree Sentralisert Kontroll Arkitektur
Bildebehandling og Matlab

10 VizFree – Visualisere DICOM

11 VizFree – Visualisere FreeSurfer aseg

12 VizFree – Volum og hjernestruktur

13 VizFree – Tydelige Bilder

14 VizFree – 3D

15 VizFree - Gruppeanalyse

16 Hvorfor? Måle ulike volumendringer Effekt av medisinering
Sykdommer eller lidelser

17 Spørsmål?

18 HIB og Master…. Tilrettelegging? Software? Kompetanse?